W przeciągu kilku lat po ogłoszeniu się przez Adolfa Hitlera "wodzem i kanclerzem Rzeszy Niemieckiej", współistnienie dwóch narodów w całym Gdańsku, w tym także na Oruni zaczęło się dodatkowo komplikować. Wielu Niemców opowiedziało się za narodowym socjalizmem. Hitlerowscy bojówkarze przerywali spotkania grup polonijnych, których członkowie, w obawie przed prowokacją, musieli zacząć się legitymować przed wejściem na zebranie. Gazety polskie wzywały do ostrożności i czujności. Ludność polska stała się obiektem różnego rodzaju ataków chuligańskich. Tak przedstawia to w swoich wspomnieniach orunianin Gerard Knoff:
„Na naszej ulicy sytuacja stawała się coraz bardziej groźna (...). Wywieszana przez nas z okazji świat narodowych duża flaga narodowa była zawsze solą w oku hitlerowców. Kilka dni przed wojną rzucali oni dużymi kamieniami w nasze okna, demolując niektóre sprzęty w naszym mieszkaniu. O napadzie złożyliśmy meldunek na policji. Przybył szupowiec [Schutzpolizei, w skr. Schupo – niemiecka Policja Ochronna przyp. red.], na wszystko popatrzył, zrobił notatki, a odchodząc powiedział, że nie ma się czemu dziwić, albowiem tak samo postępują Polacy z Volksdeutschami w Polsce (...). Od tego czasu rozlegały się na naszej ulicy, choć pilnował jej policjant, okrzyki: - Wie lange bleibt ihr Pollacken?! (Jak długo tu jeszcze pozostaniecie, Polaczki?), albo: - Wir hangen euch auf diesen Laternenphahl auf! (Powiesimy was na tym słupie latarnianym).“
W okresie poprzedzającym wojnę na Oruni powstawały biura i komitety NSDAP. Jedno z nich znalazło swoje miejsce w przy parkowym pałacyku. Niektórzy poważani obywatele Oruni zaczęli ujawniać sie jako hitlerowcy. Na przykład właściciel największej oruńskiej restauracji "Zur Ostbahn", znajdującej się w dzisiejszym Dworku Artura, będzie po latach wspominany jako bezwzględny oprawca z obozu koncentracyjnego w Stutthofie.
W momencie wybuchu II wojny światowej rodziny polskich kolejarzy zamieszkałych w mieszkaniach socjalnych na Oruni zostały zmuszone do opuszczenia domów. Zginęli też pierwsi mieszkańcy Oruni. W czasie obrony Poczty Polskiej w Gdańsku zginął zatrudniony tam jako pocztylion orunianin Bronisław Szulc, a miesiąc później rozstrzelany został inny mieszkaniec dzielnicy, ciężko ranny podczas obrony budynku pocztowego, Wojciech Kurkowski.
Aresztowania, a w konsekwencji często smierć, czekała również działaczy polonijnych i przedstawicieli inteligencji, jak na przykład Władysława Świechockiego – długoletniego nauczyciela w polskiej szkole senackiej na Oruni, członka Towarzystwa Nauczycieli Polaków, Związku Polaków w Wolnym Mieście Gdańsk oraz przewodniczącego Koła Harcerstwa we Wrzeszczu.
Duża część oruńskich Polaków jeszcze we wrześniu 1939 roku została aresztowana i przewieziona do obozu przejściowego przy ul. Leegetor (okolice Bramy Nizinnej). Stamtąd trafili do obozu w Nowym Porcie. Już podczas wstępnych przesłuchań i ewidencjonowania obchodzono się z nimi bardzo brutalnie. Niektórzy zostali dotkliwie pobici. W ciągu pierwszych dni nie obyło się także bez ofiar śmiertelnych.
Jeszcze w 1939 roku na terenie Oruni powstał obóz pracy dla Żydów i Cyganów. Znajdował się za fabryką papy, na polach przy dzisiejszej ul. Sandomierskiej 38. Więźniowie nie przebywali tam długo. W roku 1940 obóz został zamknięty, a ludność tam przetrzymywana została wywieziona. Tak wspomina to Bolesław Grusske w książce „Gdańsk 1939“ pod red. Brunona Zwarry:
„Pamiętam, że ludzie wtedy w mieście mówili: - Die Zigeuner haben gewusst, dass sie nicht mehr zuruckkommen und haben alles mitgenommen! (...) (Cyganie wiedzieli, że już nie wrócą i zabrali wszystko ze sobą)."
"W Oruni pozostała po nich tylko kupa śmieci“.
Wrzesień 1939 roku i rozpoczęty wtedy proces zmian w strukturze społecznej dzielnicy sprawił, że w maju 1945 roku na prawie 15 tysięcy Niemców przypadało tylko 549 Polaków (na początku lat 30. na tę samą liczbę Niemców przypadało 4 tysiące Polaków, co obrazuje „skuteczność“ działań niemieckich). Równie skuteczne i tragiczne w skutkach były zmiany, które nastąpiły bezpośrednio po wojnie. Orunia nigdy już nie miała wrócić do stanu sprzed wojny.
Jako kometarz niech posłuży cytat z książki „Orunia, Stare Szkoty i Lipce“ prof. Jerzego Sampa:
„(...) W dziejach prastarej Oruni zaczął sie kolejny jej etap rozwoju i to w zupełnie odmiennych realiach zarówno społecznych, jak i politycznych, pozbawionych – dodajmy – jakiejkolwiek analogii lub punktu odniesienia do tego wszystkiego, co działo się tutaj kiedykolwiek wcześniej w mniej i w bardziej odległej przeszłości.“
Tekst został opracowany na podstawie książki „Orunia, Stare Szkoty i Lipce“ prof. Jerzego Sampa oraz materiałów wyszukanych w Internecie, m.in.: http://www.wmatlan.else.com.pl/zydzigg.htm, http://www.kki.net.pl/~museum/rozdz3,2.htm.